Понимая, что в футболе ему ничего не светит, Саннино устроился помощником в одной из больниц Вогеры, чтобы как-нибудь прокормиться. Два года он трудился вне футбола, но, в конце концов, осознал, что его место в игре N1. Запастившись опытом по игре в низших дивизионах Италии, Джузеппе пошел тренировать юношескую команду местной Вогеры. В бытность карьеры футболиста «сапожник» постигнул, что в таких полулюбительских лигах главное – оборона. И, возглавив команду, он решил, что будет именно плясать от печки.“Когда я начал тренировать, была эпоха Сакки, и сначала брал с него пример. Но с течением времени я вдохновился работой Липпи и Трапаттони”.
Обучив юношей Вогеры знаниями о катеначчо, Саннино доверили молодежную команду, примаверу, но уже в Павии. В новом клубе он не задержался и стал тренером Монцы снова на юношеском уровне. Три года Джузеппе вбивал в головы молодежи свои взгляды на тактики и схемы, и это дало результат. В 1996 году он возглавил первую команду Ольтрепо. Но скачок во взрослую стезю получился неудовлетворительным, и алленаторе снова получил шанс в примавере. За сезон закрепив свои позиции и убеждения в Комо, Беппе вернулся на взрослый уровень, и он находится на нем вплоть до сегодняшнего дня. В 1998 году он возглавил Биеллезе и с того времени начинается его восход от Серии D до Серии А.
Первое достижение Саннино в качестве тренера произошло в сезоне 1999/00. После одного проведенного года в Биеллезе, он возглавил Судтироль. В первом же сезоне был выигран чемпионат Серии D. Но с началом «нулевых» у Джузеппе снова начались скитания по низшим дивизионам, словно дежавю его времен в качестве футболиста. Но на сей раз он не остановился и не закончил с кальчо – он продолжил гнуть свою линию.
После Судтироля у Саннино было четыре клуба, с которыми он проработал ровно четыре года. Меда, Санджованнезе, Варезе, Козенца – везде Беппе не мог рассчитывать на что-то большее, чем середина турнирной таблицы. Но в 2005 году его обителью стал Лекко, в котором за первый сезон у тренера также мало что получалось. Но руководство клуба оставило его на посту и не поплатилось. В следующий раз Саннино вывел Лекко в Серию С1. Затем же пути блучелести и «сапожника» разошлись, и он решил скрупулезно оттачивать свои навыки в Серии С2. Следующий сезон с Пергокремой повторился как с Лекко: клуб занял первое место в чемпионате, но дальше двигался уже без «чемпионского» алленаторе. Сезон 2008/09 мог также повториться, как и прошедшие два. Саннино вернулся в Варезе и снова стал победителем Серии С2. В тот момент он решил перевернуть свою жизнь, к 52 годам его принципы и воззрения переменились. С 2009 года Беппе принял решение покорно идти наверх по дивизионной лестнице Италии. Его уровень уже не соответствовал Серии С2, клубам Козенцы, Лекко и т.д. Точкой опоры стал Варезе, где он начал карьеру футболиста, где работал в качестве главного тренера несколько лет назад, где ему знакомо каждое место.